Cách quan hệ tình dục này có hai nguy hiểm cơ bản, thứ nhất đó là sự lây nhiễm từ các vi sinh vật trong hậu môn, thứ hai là sự tổn thương của trực tràng và hậu môn.

Các nghiên cứu gần đây cho thấy nguy cơ tăng lên ở nam có quan hệ tình dục với nam.[33] Tương tự, ở nam quan hệ với nữ, một nghiên cứu 1992 đối với nam giới Puerto Rico có quan hệ rộng về mặt xã hội và tình dục cho thấy khi quan hệ với nữ rất ít sử dụng bao cao su.[34] Ở những người đồng tính nam, quan hệ tình dục không dùng bao cao su gọi là barebacking.

HIV/AIDS và các bệnh lây truyền khác

Tình dục hậu môn không có bảo vệ làm lây nhiễm HIV[35], HPV (human papilloma virus) (virút làm tăng nguy cơ mắc ung thư hậu môn) [36], sốt thương hàn [37] và các vấn đề liên quan đến bài tiết và sinh dục. Trong đó có nhiễm khuẩn amip, chlamydia, cryptosporidiosis, nhiễm khuẩn E. coli, giardiasis, bệnh lậu, viêm gan siêu vi A, viêm gan siêu vi B, viêm gan siêu vi C, bệnh mụn giộp, papillomavirus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (HHV-8) [38], bệnh hoa liễu, chấy rận lông mu, salmonellosis, shigella, syphilis, bệnh lao.[39][40][41]

Sự tập trung nhiều bạch cầu ở trực tràng, vết rách trực tràng nếu xảy ra kết hợp với chức năng hấp thu chất lỏng của trực tràng làm tăng nguy cơ lây nhiễm HIV. Y học khuyến cáo dùng bao cao su và cẩn thận khi quan hệ để giảm nguy cơ lây nhiễm. Làm botttom trong tình dục hậu môn không dùng bảo vệ là một trong những nguy cơ lây nhiễm HIV cao nhất.[42][43][44]

Ung thư hậu môn do HPV

Hầu hết các ca ung thư hậu môn liên quan đển HPV. Bệnh này tăng 160% ở nam và 78% ở nữ trong 30 năm qua, theo một nghiên cứu 2004 của Mỹ. Tỉ lệ tăng khi kết hợp với hành vi tình dục và hút thuốc lá. Hút thuốc tăng nguy cơ ung thư hậu môn lên bốn lần và từng có nhiều bạn tình (15 hoặc nhiều hơn) hoặc làm bottom trong quan hệ tăng nguy cơ lên bảy lần.[45]

Tổn thương

Tình dục hậu môn có thể gây ra tổn thương hậu môn và trực tràng, trĩ, nứt hậu môn[39] và sa trực tràng. Nếu không đủ chất bôi trơn có thể gây đau đớn hoặc tổn thương.[46] Nguy cơ tổn thương cao hơn nếu quan hệ một cách bạo lực, sử dụng rượu bia, chất kích thích sẽ làm giảm độ khoái cảm, kết quả tương tự nếu như kỹ thuật không khéo léo cùng với việc không có sự ăn ý trong khi quan hệ.

Mất điều khiển hậu môn

Tổn thương thường xuyên hoặc đưa vật có kích thước lớn vào hậu môn[47] hoặc quan hệ hậu môn quá thường xuyên có thể dẫn đến giãn cơ vòng hậu môn[48] và mất điều khiển hậu môn[49].